داستان انیمیشن در سال ۲۰۵۰ میلادی روایت می شود. زمانی که قهرمان داستان، یعنی “کونگ” بعد از خرابکاری هایش در جزیره ی تاریخی-زیست محیطی آلکاتراز یک فراری محسوب شده و در حال تعقیب می باشد. چیزی که مردم در حال تعقیب کونگ از آن اطلاعی ندارند این است که همواره یک نیروی شیطانی هوشمند با کونگ همراه است و برای ترور کردن دنیا با نیروی عظیمی از دایناسورهای رباتیک برنامه ریزی می کند. حال کونگ به نبرد با این نیروی شیطانی می پردازد و در این مسیر سه کودک که حقیقت را درباره وی می دانند با او همراه می شوند و…